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人的肠道微生态系统极其复杂，一个健康人的肠道内约超过1000种细菌，总数达到100万亿左右。肠道菌群参与维持肠道的正常生理功能和机体免疫功能。然而，肠道菌群太复杂，人类至今对其认知尚少。
说起菌群移植，这项技术由来已久。1700年前东晋时期葛洪《肘后备急方》中记载用人粪清治疗食物中毒、腹泻、发热并濒临死亡的患者；明代李时珍《本草纲目》中也曾记载了二十多种用人粪治病的疗方；2013年，美国将菌群移植写入复发性艰难梭菌感染的治疗指南；随后菌群移植逐渐被写入儿童粪菌移植、艰难梭菌感染、炎症性肠病、肝硬化肝性脑病、慢性便秘、急性移植物抗宿主病等指南共识；2019年《生物医学新技术临床应用管理条例》将其评为中低风险生物医学新技术；目前菌群移植已在广东、上海、安徽、河南、云南等共计14个省份具有正式的收费编码。
实验室的粪菌制备就是从捐赠者的粪便中纯化得到用于粪菌移植的菌群。其流程分两个步骤，供体筛查和粪菌制备。肠道菌群非常复杂，不是补充一两种有益菌就可以调节肠道菌群。粪菌移植治疗也存在很多不可知因素，很多看似正常的粪便捐赠者其本身可能存在没有被检测出的亚健康或其他条件致病菌。
粪菌移植流程是将粪菌提取液通过鼻胃管、内镜肠道移植术或结直肠镜的方式移植给受体，这些方式不仅过程繁琐还具有有创性，患者依从性及耐受性不高6。另一种的粪菌定植方式为FMT粪便胶囊，在某种程度上避免了上述传统方式的缺点。
粪菌移植可以改善如肥胖患者的代谢功能，降低肥胖相关的代谢性疾病风险，越来越多的科研工作者开始寻找关注新兴的治疗方法以遏制这一疾病负担，粪菌移植就是其中的一种方法
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