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人的肠道微生态系统极其复杂，一个健康人的肠道内约超过1000种细菌，总数达到100万亿左右。肠道菌群参与维持肠道的正常生理功能和机体免疫功能。然而，肠道菌群太复杂，人类至今对其认知尚少。
说起菌群移植，这项技术由来已久。
粪菌移植（Fecal microbiota transplantation, FMT）的原型始于中国古代，《肘后备急方》、《本草纲目》等医书都有记载。
1958年, 美国Eiseman医生及其同事用健康人的粪便灌肠成功治疗了4例严重的伪膜性肠炎患者，开启了西方现代医学利用人粪治病的新篇章。
1978年，难辨梭状芽孢杆菌感染被发现是伪膜性肠炎的主要病因，粪菌移植治疗难治性难辨梭状芽孢杆菌感染的价值才逐渐得到重视。
近年，美国疾控中心的数据显示，美国每年约有14000人死于难辨梭状芽孢杆菌感染。
研究发现，肠道菌群紊乱与多种肠道和肠道外疾病相关, 如外科术后感染、相关性腹泻、炎症性肠病(IBD)、肠易激综合征、代谢综征、免疫系统疾病、过敏等。
因此，粪菌移植入选2013年美国《时代》杂志 “世界医学突破”、美国克利夫兰医学中心“影响2014年的医学创新”。2013年，粪菌移植被列入美国医学指南用于难辨梭状芽孢杆菌感染的治疗，从此不再是拿不上台的。
2019年《生物医学新技术临床应用管理条例》将其评为中低风险生物医学新技术；
粪菌移植可以改善如肥胖患者的代谢功能，降低肥胖相关的代谢性疾病风险，越来越多的科研工作者开始寻找关注新兴的治疗方法以遏制这一疾病负担，粪菌移植就是其中的一种方法粪菌移植的应用，为更多患者带来生的机会。
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